Michael Scofield, un brillant ingénieur en génie civile commet, à la surprise générale, un hold up dans une banque. Arrêté et jugé, il est aussitôt envoyé dans la prison de haute sécurité où son frère aîné Lincoln attend son exécution sur la chaise éléctrique après avoir assassiné le frère de la vice-présidente. Michael lui révèle alors qu'il s'est fait incarcérer exprès afin de l'aider à s'évader. En tant que ingénieur, il a en effet eu accès aux plans de la prison, plans qu'il s'est fait tatouer sur tout le torse, dissimulés sous des dessins apparemment anodins. Après avoir compris l'innocence de son frère à cause d'une conspiration gouvernementale, il va mettre en place son plan d'évasion à l'aide des co-détenus.
Cependant, il n'avait pas pensé que les conditions carcérales s'avèrent très difficiles...
Cependant, il n'avait pas pensé que les conditions carcérales s'avèrent très difficiles...
